体育部成立于2004年5月，是学校独立建制的副处级直属教学单位。现设有体育部直属党支部、党政综合办公室、航海体育教研室、基础专项体育教研室、场馆中心、课外体育锻炼指导中心、大学生体质健康监控中心和体育科学研究所等教学、科研、管理机构。
体育部现有教职员工24人，专任体育教师21人，其中具有研究生学历（学位）11人，副教授8人，中级职称13人，助讲2人，院学术带头人、课程负责人一名；国家一级教练员2人、国家级裁判员1人，国家一级裁判员4人，运动健将2人。平均年龄35岁，是一支以年青教师为主体的师资队伍。
体育部的教师来自上海体育大学、华东师范大学、武汉体育学院、 南京体育学院、沈阳体育学院、南京师范大学、华中师范大学、西南师范大学。学缘结构丰富，多元的文化氛围和不同的视角，是体育部发展、创新的基础。
体育部开设大学体育课程、大学航海体育课程。教师的知识、技能项目结构合理，能够满足田径、武术、体操、篮球、足球、排球、游泳、健美操、跆拳道、体育舞蹈、跳水、健美、太极拳、乒乓球、羽毛球、瑜伽、桥牌等课程的体育教学、课余运动训练、体育竞赛的裁判与组织。
学院现有标准篮球场30块，标准田径场1片（包括标准足球场，人造草坪），体育馆和50米标准游泳池，并建成航海体育教学为特色的体育设施，。
近年来，体育部在体育科研中取得了一定的成绩，主编国家规划体育教材1本、高职高专体育通用教材2本，大学航海体育教材1本，完成了国家级课题2项、省级课题5项、和校级课题11项、在体育类权威核心期刊发表专业论文13篇、省级以上期刊一百余篇。我部教师在全省高校体育科学论文报告会获得一等奖2项、二等奖、三等奖近40多项。
2010年，我校体育课程通过江苏省教育厅普通高校公共体育课程考核，并获得优秀等级；2011年、2013年连续2次被评为江苏体育先进学校；2013年获得江苏省教学成果奖一等奖；我校的篮球、跆拳道、足球、田径等运动队在南京市、江苏省、全国比赛中多次名列前茅，多次获得体育道德风尚奖，为学校争得了荣誉。
目前体育部正在以一流的的航海院校应有一流的学校体育为指导思想，以求真、敬业、和谐、创新的精神，加强学院体育工作内涵建设、为创建具有航海特色一流的学校体育工作而努力。
